Eventos

Curso CBAB/CABBIO 2015 Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências de RNA-Seq (27 de julho a 07 de agosto)

As novas estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho permitem o sequenciamento e análise de milhares de fragmentos de nucleotídeos em paralelo, gerando cada vez mais dados em menor tempo e custo. Com estas tecnologias de sequenciamento de alto desempenho, os projetos de genômica têm se tornado um grande desafio para as análises de bioinformática. Para isso, novas ferramentas foram desenvolvidas e bancos específicos foram criados para tratar especificamente das características intrínsecas desses projetos. Dessa forma, com a mudança de paradigma nas análises dos dados, novos algoritmos foram desenvolvidos para tratar, analisar e classificar as sequências geradas pelas novas plataformas de sequenciamento.

Podemos afirmar que a transcriptômica tem sido a abordagem que mais cresceu com o advento das estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho. Atualmente, todas as plataformas comerciais de sequenciamento de alto desempenho podem sequenciar DNA complementar (cDNA) ao RNA mensageiro em larga escala. Essa abordagem, conhecida como RNA-seq, tem sido aplicada para o sequenciamento de transcritos, tanto de organismos procariotos quanto de eucariotos. 

A presente proposta de curso CBAB 2015 consistirá no ensino das principais ferramentas de bioinformática para uso na análise de dados de RNA-seq. Serão ministradas aulas teóricas e aulas práticas em computadores.

AS INSCRI�‡�•ES PODEM SER EFETUADAS NO PERÍODO DE 12 DE MAIO �€ 12 DE JUNHO DE 2015

 

CARGA HORÁRIA: 80 h

 

TOTAL DE VAGAS: 30

 

REQUISITOS BÁSICOS PARA PARTICIPAR DO CURSO:

Nível de instrução acadêmica: pós-graduandos (mestrando e doutorando), pós-doutorandos ou pesquisadores;

Atuação profissional do candidato: Genética, Genômica, Biotecnologia, Bioinformática ou ares afins.

INSCRI�‡�•ES PARA CANDIDATOS BRASILEIROS:

A admissão de interessados em participar do curso é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário:

* que o candidato preencha e submeta o formulário de inscrição (FORM A), juntamente com o link para o currículo da Plataforma Lattes;

* quando for o caso, que o candidato apresente o comprovante de matrícula no curso de pós-graduação, resumo do projeto de dissertação ou tese; E

* QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA OU CHEFE IMEDIATO NA INSTITUI�‡�ƒO DE VÍNCULO PREENCHA E ENVIE o formulário para recomendação (FORM B) DE SEU ENDERE�‡O ELETR�”NICO INSTITUCIONAL OU DO CNPq (nomedopesquisador@pq.cnpq.br).

As inscrições devem ser encaminhadas para: marisa@lncc.br

LINK PARA FORMULÁRIOS A E B: 

http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328350/Instrucoes_para_candidatos_brasileiros.html

INSCRI�‡�•ES PARA CANDIDATOS ESTRANGEIROS:

http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328347/Candidatos_argentinos_uruguaios_paraguaios_e_colombianos.html

A admissão de interessados em participar dos cursos CBAB/CABBIO é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário: 

* que o candidato preencha e submeta o formulário de inscrição (FORM A), juntamente com uma cópia atualizada do currículo; E

* que o orientador ou o chefe de grupo de pesquisa preencha e envie o formulário para recomendação (FORM B) de seu endereço eletrônico institucional. 

* Quando for o caso, que o candidato apresente o comprovante de matrícula no curso de pós-graduação, resumo do projeto de dissertação ou tese.

As inscrições devem ser encaminhadas ao ponto focal do país de origem do candidato:

Argentina: MINCyT - cabbio@mincyt.gov.ar

Uruguai: DICyT / MEC - secretaria@cabbio.uy

Paraguai: CONACyT - ciencia@conacyt.org.py

Colômbia: COLCIENCIAS - contacto@colciencias.gov.co �€“ deve-se obedecer a data-limite informada no site www.colciencias.gov.co.

PROCESSO DE SELE�‡�ƒO PARA CANDIDATOS BRASILEIROS:

A seleção de candidatos será realizada pela comissão coordenadora do curso, e homologada pela diretoria do CBAB, seguindo as instruções em:

http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328350/Instrucoes_para_candidatos_brasileiros.html

PROCESSO DE SELE�‡�ƒO PARA CANDIDATOS ESTRANGEIROS: seguindo as instruções em:

http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328347/Candidatos_argentinos_uruguaios_paraguaios_e_colombianos.html 

AP�“S A HOMOLOGA�‡�ƒO DO PROCESSO DE SELE�‡�ƒO, OS CANDIDATOS SER�ƒO CLASSIFICADOS EM:

ALUNOS COM CUSTEIO: 16 ( 7 alunos brasileiros, 4 alunos argentinos, 3 alunos do Uruguai, 1 aluno paraguaio e 1 aluno da Colômbia)

ALUNOS SEM CUSTEIO SOMENTE PARA BRASILEIROS: 14. (TAXA DE MATRÍCULA: R$150,00, N�ƒO INCLUINDO ALIMENTA�‡�ƒO NEM HOSPEDAGEM)

PROGRAMA DO CURSO

 

Primeira Semana

Dia 1. 2da feira 27 de julho

T0. Apresentação do curso - (1 hora) - Marisa Fabiana Nicolás, LNCC/MCTI;

T1. Plataformas NGS de sequenciamento e aplicações para RNA-seq - (2 horas) - Ricardo Henrique Kruger, Universidade de Brasília;

P1. Introdução ao Sistema Operacional Linux - (5 horas) - Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves e Nicholas Costa Barroso Lima, LNCC/MCTI;

Dia 2. 3ª feira 28 de julho

T2. Construção de bibliotecas de cDNA para abordagens de RNA-seq - (2 horas) - Alinne Pereira de Castro, Universidade Católica Dom Bosco;

T3. RNA-seq: mapeamento e quantificação dos genes expressos - (2 horas) - Pedro A F Galante, Centro de Oncologia Molecular/Hospital Sírio-Libanês;

P2. Descobrindo novos transcritos humanos com dados de RNA-seq �€“ (5 horas) - Pedro A F Galante, Centro de Oncologia Molecular/Hospital Sírio-Libanês;

Dia 3. 4ª feira 29 de julho

P3. RNA-Seq: pós-processamentos do mapeamento utilizando a ferramenta Samtools - (2 horas) - Guilherme Loss de Morais, LNCC/MCTI;

T4. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA - (2 horas) - Daniel Guariz Pinheiro, UNESP-FCAVJ;

P4. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA �€“ (5 horas) - Daniel Guariz Pinheiro, UNESP-FCAVJ;

Dia 4. 5ª feira 30 de julho

T5. Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos - (2 horas) - J. Miguel Ortega, UFMG;

P5. Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos �€“ (3 horas) �€“ Gabriel da Rocha Fernandes, UCB;

T6. Aplicação da bioinformática na inferência de vias metabólicas a partir de dados transcriptômicos �€“ (2 horas) �€“ Pablo Ivan Pereira Ramos, LNCC/MCTI;

Pratico Final aula 1. Estudo dirigido de análise transcriptomica �€“ (2 horas) - Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

Dia 5. 6ª feira 31 de julho

P6. Inferência de vias metabólicas com o programa Pathway Tools �€“ (2 horas) �€“ Pablo Ivan Pereira Ramos, LNCC/MCTI;

T7. Introdução ao programa estatístico R - (1 hora) - Rafael L M Guedes, LNCC/MCTI;

P7. Introdução ao programa estatístico R �€“ (1 hora) �€“ Rafael L M Guedes, LNCC/MCTI;

Pratico Final aula 2. Estudo dirigido de análise transcriptomica �€“ (5 horas) - Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

Segunda Semana

2da feira 3 de agosto

T8. Estudos quali e quantitativos do transcriptoma de células tumorais - (2 horas) - Raphael Parmigiani, Hospital Sírio-Libanês SP;

T9. Normalização e análise da expressão diferencial de genes - (2 horas) - Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;

P8. Uso do programa estatístico R para análise da expressão diferencial de genes �€“ (2 horas) - Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;

Pratico Final aula 3. Estudo dirigido de análise transcriptomica �€“ (3 horas) - Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

3ª feira 4 de agosto

T10. Estudo de transcriptomas bacterianos - (2 horas) - Marisa Fabiana Nicolás, LNCC/MCTI;

T11. Análise transcriptômica de small RNAs - (2 horas) - Guilherme Loss de Morais, LNCC/MCTI;

P9. Identificação e anotação in silico de small RNAs - (2 horas) �€“ Guilherme Loss de Morais, LNCC/MCTI;

Pratico Final aula 4. Estudo dirigido de análise transcriptomica �€“ (3 horas) - Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

4ª feira 5 de agosto

T12. Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e de classificação (2 horas) - Roney S Coimbra, Fiocruz Minas;

P10. Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e classificação - (4 horas) �€“ Roney S Coimbra, Fiocruz Minas;

Pratico Final aula 5. Estudo dirigido de análise transcriptomica �€“ (3 horas) - Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

 

5ª feira 6 de agosto

T13. �€œConceptos de diseño, análisis y evaluación de experimentos transcriptómicos�€� - (3 horas) -  Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;

P11. �€œDiseño experimental y conceptos de data mining para NGS�€� - (2 horas) - Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;

T14. Transcriptograma: Uma técnica de análise para dados de expressão gênica - (2 horas) - Rita Maria Cunha de Almeida, UFRGS;

P12. Obtenção e Análises de Transcritptogramas �€“ (2 horas) �€“ Rita Maria Cunha de Almeida, UFRGS;

6ª feira 7 de agosto

Apresentações do Trabalho Final dos grupos de alunos

CORPO DOCENTE:

Marisa Fabiana Nicolás�€“ LNCC, Brasil

Aline Castro �€“ UCDB, Brasil

Antonio Mauro Rezende�€“ CPqAM/FIOCRUZ, Brasil

Daniel Guariz Pinheiro�€“ UNESP, Brasil

Gabriel da Rocha Fernandes�€“ UCB, Brasil

Guilherme Loss de Morais�€“ LNCC, Brasil

Maurício Egídio Cantão�€“ Embrapa Suínos e Aves, Brasil

Miguel Ortega�€“ UFMG, Brasil

Milene Ferro�€“ UNESP, Brasil

Pablo Ivan Pereira Ramos�€“ CPqG/FIOCRUZ, Brasil

Pedro Alexandre Favoretto Galante�€“ Hospital Sírio-Libanês, Brasil

Rafael Lucas Muniz Guedes�€“ LNCC, Brasil

Ricardo Henrique Kruger�€“ UnB, Brasil

Rita Maria Cunha Almeida �€“ UFRGS, Brasil

Roney Santos Coimbra �€“ CPqRR/FIOCRUZ, Brasil

PROFESSOR ARGENTINO CONVIDADO:

Elmer A. Fernández (Bioing. PhD), Investigador Adjunto CONICET - Research Asociate CONICET Prof. Inteligencia Artificial -UCC - Prof. Artificial Intelligence @ UCC